Fort bij Uithoorn speelde tijdens de Koude Oorlog een belangrijke rol als onderdeel van de verdedigingslinie van Amsterdam. Het diende als strategisch punt om de toegang tot de hoofdstad te bewaken en te beschermen tegen mogelijke invallen vanuit het oosten, met name vanuit het voormalige Warschaupact en de Sovjet-Unie.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd het fort gebruikt door de Duitsers, die een verdediging wilden hebben in het geval de geallieerden met een landing op de Nederlandse kust door de Atlantikwall zouden breken.
Met dat doel legden de Duitsers een eigen waterlinie, de ‘Vorderen Wasserstellung’, aan die van Edam via Haarlem naar Rotterdam liep. Vanaf voorjaar 1944 stonden vele polders daardoor onder water. Fort bij Uithoorn was één van de forten die hiervoor gebruikt werd, namelijk voor de opslag van munitie.”
Na de oorlog werd het fort weer als munitiemagazijn gebruikt, de fortwachterswoning in 1950 vervangen en in 1959 verloor het haar taak als vestingswerk. De geheime Stay-behind organisatie gebruikte het fort om zich voor te bereiden op ondergronds verzet na een mogelijke Warschau-Pact inval.
