Tijdens de mobilisatieperiodes van 1914-1918 (Eerste Wereldoorlog) en 1939-1940 (begin Tweede Wereldoorlog) was Fort Altena in staat van paraatheid. Soms waren er tot 300 man aanwezig. Er hebben echter geen gevechten plaatsgevonden. Na de Tweede Wereldoorlog heeft het fort van 28 september 1946 tot 28 februari 1949 nog dienst gedaan als interneringskamp voor collaborateurs.
In 1951 verloor Fort Altena haar status van verdedigingswerk. Defensie bleef het fort echter wel gebruiken. In de jaren 1956-1957 werden nog drie voertuigloodsen op het terrein gebouwd. Ergens tussen 1945 en 1992 zou een onderdeel van een organisatie van de Binnenlandse Veiligheidsdienst op Fort Altena gevestigd zijn geweest. Het gaat om een zogenaamde ‘stay behind’-organisatie. Een dergelijke organisatie moet in het geval van een bezetting inlichtingen doorgeven aan de gevluchte regering. De organisatie draagt de naam ‘Operaties en Inlichtingen’, en later ‘A en B’, maar wordt in de volksmond ‘Gladio’ genoemd (naar haar NAVO-tegenhanger in Italië). In 1992 is ‘A en B’ officieel opgeheven. Het is onduidelijk in hoeverre ze werkelijk op Fort Altena actief is geweest, omdat de archieven nog deels gesloten zijn.
